舍饲圈养波尔山羊由于营养比较单纯，加之运动量减少，会使波尔山羊抵抗力降低而感染疾病。

因此除平时加强管理外更应该做好防疫灭病工作，羊病防治必须坚持“预防为主”的方针，搞好环境卫生，定期消毒，开展防疫检疫，定期驱虫，具体的操作有以下几点：

（一）严格执行防疫制度。从引种到出售要严格检疫，外地引进波尔山羊种羊要来自非疫区，外购的饲料和用具也要从安全地区购入。

（二）搞好圈舍环境卫生。圈舍墙壁、地面、用具，应保持清洁干燥，坚持每天清粪便垫圈，粪便污物运到妥善场地堆积发酵，开展灭蝇灭鼠防止携带传播，保持饲草清洁干燥，饮水清洁无冰冻。

（三）加强饲养管理。坚持自繁自养，谨慎引入羊只，防止带入传染病，注意阶段、各时期羊的营养均衡供应，妥善安排各生产环节。

（四）做好波尔山羊消毒工作。消毒是贯彻“预防为主”方针的一项重要措施，其目的是消灭传染源的传播与外界环境中的微生物，切断传播途径，阻断疾病继续蔓延。

（五）有计划的给波尔山羊免疫接种。根据当地传染病的流行情况在兽医部门的指导下开展免疫接种，一般在每年的春季和秋季进行预防接种工作。免疫注射常用的疫苗：（1）羊三联四防苗（2）口蹄疫病毒疫苗（3）山羊痘冻干苗。

（六）定期组织波尔山羊驱虫。常见药物有阿维菌素类和伊维菌素类，以及丙硫咪唑，左旋咪唑等。

（七）实施药物预防。包括药物、安全廉价的药物拌料或饮水，以及微生物复合菌制剂应用等。

（八）预防中毒。不喂霉败饲料，不用污浊或受污染的水饲喂波尔山羊，剔除青干野草中的有毒植物。注意饲料的正确调制处理，妥善贮藏以及适当的搭配比例，防止草菜茎叶上残留的农药和误食灭鼠药中毒。